Dėl savo gyvenimo būdo ir judrumo šikšnosparniai neturi daug natūralių priešų. Jie gali tapti pelėdų ar plėšrių paukščių, žiemavietėse – kiauninių žvėrelių, kačių grobiu. Liūdna, bet daug žalos šikšnosparniams padaro žmogus. Viena pagrindinių šikšnosparnių nykimo priežasčių – jiems tinkamų slėptuvių ir buveinių mažėjimas, t.y.:
Opi problema - žmogaus tyčinis ar netyčinis šių žvėrelių naikinimas, žalojimas, trikdymas. Žmonės, žiemojimo vietoje radę gyvūnėlį, ima jį į rankas, neša į šiltas patalpas, šviečia prožektoriais, liečia rankomis, krapšto iš plyšių. Tai šikšnosparniams būna pražūtinga! Dėl trikdymo, temperatūros pasikeitimo jie atsibunda. Prabudus šikšnosparnių organizmas pradeda naudoti brangias ir negausias energijos atsargas, kad pakeltų kūno temperatūrą, suaktyvintų kitus fiziologinius procesus ir galėtų skristi. Deja, sunaudotų energijos atsargų žiemos metu jie negali papildyti, nes tuo metu nėra vabzdžių. Sutrikdytiems šikšnosparniams įmygio pabaigoje pritrūksta energijos ir jie žūva nesulaukę pavasario. Vasaros metu trikdomi šikšnosparniai palieka slėptuves ir ieško sau naujų. Nerasdami tinkamos gyvenimui ir jauniklių auginimui slėptuvės jie gali palikti vietovę, kurioje pragyveno ne vienerius metus.
Šikšnosparniai dažnai yra sužalojami vėjo jėgainių (turbinų) besisukančių menčių, ypač migracijų metu, kai skraido dideli būriai šių žvėrelių.
Šikšnosparniai sparčiai nyksta ne tik Lietuvoje, bet ir visoje Europoje. Sparčiai nykstančios rūšys įrašomos į saugomų gyvūnų rūšių sąrašus, suteikiant joms apsaugos statusą. Šiuo metu iš Lietuvoje žinomų 15 šikšnosparnių rūšių net 11 yra įtrauktos į Lietuvos Raudonąją knygą. Tačiau vien teisės aktų neužtenka. Nepaisant mokslininkų, biologų vykdomų apsaugos priemonių, apsaugoti šikšnosparnius gali kiekvienas iš mūsų.